Leta 1854 je v starem delu Cerkelj, v podstrešni sobi Marinckove hiše, ki so jo pred kratkim zaradi dotrajanosti porušili, zacela delovati šola enorazrednica. Cerkljanski otroci so v tej šoli nabirali znanje skoraj dvajset let. Kasneje so v bližini prve šole zgradili novo šolsko zgradbo, v kateri je danes gasilski dom.
Stari del današnje šolske zgradbe je bil zgrajen pred sto leti. Otroci so bili navdušeni nad veliko novo stavbo, v kateri so bile štiri ucilnice. Pred 2. svetovno vojno je bila šola 6–razredna, obiskovalo jo je približno 500 ucencev. Med obema svetovnima vojnama je v cerkljanski šoli nekaj casa služboval tudi slovenski pisatelj Tone Seliškar. Med 2. svetovno vojno so Cerklje zasedli Nemci in se naselili tudi v prostorih šole. Vecino prebivalcev z obmocja šolskega okoliša OŠ Cerklje ob Krki so izgnali v nemška taborišca. Pouk je obcasno še potekal v nemškem jeziku, šolska zgradba pa med vojno ni doživela vecjih poškodb.
V prvih letih po vojni je bila v šoli prostorska stiska, saj je v njej tudi štiri leta delovala tudi OŠ Bušeca vas. OŠ Cerklje ob Krki je bila po vojni najprej 6–razredna, v šolskem letu 1949/50 je bila ustanovljena sedemletna, s šolskim letom 1952/53 pa je šola postala osemletna. Zaradi majhnega števila otrok nekaj let osmega razreda sploh ni bilo, tako da je osemletna popolna šola zacela delovati s šolskim letom 1958/59. Pouk v dveh izmenah in prostorske težave so se nadaljevale vse do leta 1973. V tem letu je prišlo do pomembnih sprememb za nadaljnji razvoj šolstva v Cerkljah. Obnovili so staro šolsko zgradbo in zgradili novi del s telovadnico. Šola je pridobila osem novih ucilnic in še vec drugih prostorov. V prostorih je bila namešcena nova oprema, nabavljeni so bili tudi novi ucni pripomocki. Vse te spremembe so omogocile sodobnejši pouk in lažje delo za ucence in ucitelje. Pred desetimi leti je bil urejen podstrešni del v starem delu šolske zgradbe, šola je takrat dobila tudi lepšo zunanjo podobo. Do danes je bilo opravljenih še vec obnovitvenih del.
Nabavljene je bilo veliko nove opreme in številni ucni pripomocki, tako da imajo ucitelji danes zelo dobre pogoje za kvalitetno šolsko delo.
Zraven rednega pouka se na šoli izvajajo številne interesne dejavnosti. Cez šolsko leto so panoji v ucilnicah in na hodnikih okrašeni s številnimi izdelki, ob razlicnih praznikih pa je postavljenih vec manjših razstav. Mladi pevci in glasbeniki sodelujejo na šolskih, krajevnih in obcinskih prireditvah. Da je delo na šoli strokovno in dobro organizirano, kažejo rezultati naših ucencev na posameznih predmetnih tekmovanjih, kjer osvajajo tudi zlata priznanja.
